Марганец поступает в атмосферу от выбросов предприятий черной металлургии (60% всех выбросов марганца), машиностроения и металлообработки (23%), цветной металлургии (9%).
Урожай зависит от содержания марганца в почве. Физиологическое значение марганца заключается в том, что он принимает участие в окислительно-восстановительных реакциях в растительных клетках и связан с деятельностью окислительных ферментов — оксидаз. В случае недостатка этого элемента понижается интенсивность окислительно-восстановительных процессов и синтеза органических в-в в растениях.
Марганец принимает участие и в перемещении веществ по органам растений. Он играет важную роль в процессах усвоения растениями аммонийного и нитратного азота. В случае недостатка марганца нарушается восстановление нитратного азота, что приводит к накоплению нитратов в тканях растений. Так же марганец принимает участие в синтезе витамина С, что важно для плодов. При его недостатке понижается синтез органических веществ, уменьшается содержание хлорофилла в растениях, что вызывает развитие хлороза.
Дефицит марганца чаще наблюдается на землях с щелочной или нейтральной реакцией, в особенности на песчаных и супесчаных, и на торфяниках.
ФГБУ ЦНМВЛ определяет содержание марганца в почве на базе химико-токсикологического отдела, методом атомно-абсорбционной спектрометрии.