Почва является главным резервуаром и естественной средой обитания микроорганизмов, принимающих участие в процессах формирования и самоочищения почвы.
В почве наряду с неорганическими породами присутствуют органические соединения, образующиеся в результате гибели и разложения живых существ.
Таким образом, в любой почве наблюдается наличие как полезной микрофлоры и фауны, так и патогенной. Патогенные микроорганизмы попадают в почву также с биологическими отходами человека и животных.
Наличие патогенных организмов в высоких концентрациях может явиться источником негативного воздействия на животных и человека, например, при употреблении в пищу растений, произрастающих на зараженных земельных участках.
По степени эпидемической опасности почвы подразделяются на 4 категории: чистая, умеренно опасная, опасная, чрезвычайно опасная. Для целей сельскохозяйственного производства чистая почва может использоваться без ограничения, умеренно опасная и опасная – после проведения дезинфекции (дезинвазии) с последующим лабораторным контролем. Почва, признанная чрезвычайно опасной, к использованию запрещена и подлежит утилизации.
Положениями СанПиН 2.1.7.1287-03 «Санитарно-эпидемиологические требования к качеству почвы», утвержденных Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 16 апреля 2003г., предусматривается оценка степени эпидемической опасности почвы в зависимости от величины следующих показателей: индекс БГКП, индекс энтерококков, патогенные бактерии, в т.ч. сальмонеллы, яйца геогельминтов, личинки и куколки мух.